بهائى با علماى عصر خود ، بخصوص ميرداماد ، رابطهء خوبى داشت و بعضى داستانها دربارهء تيرگى رابطهء او و ميرداماد اعتبارى ندارد . ظاهرا اين تصور از رسالهء ميرداماد به نام اغلاط الشيخ البهائى و تصحيفاته نشأت گرفته است . حكايت افسانه‌آميزى نيز از روابط بهائى با ميرفندرسكى ( متوفى 1050 ) ، فيلسوف بزرگ عصر صفوى ، وجود دارد ؛ براى آگاهى از مخدوش بودن اين حكايت ، رجوع شود به بهاء الدّين عاملى ، كليات ، مقدمهء نفيسى ، ص 47 - 48 ) . بهايى به علماى جبل عامل نيز عنايت داشت و تنى چند از ايشان را كه براى استفادهء علمى از وى به اصفهان آمده بودند ، مدتى طولانى در منزل خود جاى داد . مذهب و مشرب شيخ بهائى بدون ترديد از علما و فقهاى اماميّه بوده ، و آثار او گواه روشنى بر تشيّع اوست . ازاين‌رو اصرار بعضى منابع عامّه در اينكه او را سنّى بشمار آورند ، بيهوده است . محبّى و خفاجى بر اين باورند كه بهائى تسنّن خود را از شاه‌عباس ، كه شيعه بود ، پنهان مىكرد و او را تنها به سبب افراطى كه در محبّت ائمه شيعه داشته است شيعه شمرده‌اند . براى پاسخ قاطع امينى به محبّى رجوع شود به امينى ، ج 11 ، ص 252 ) . احتمالا مهمترين سبب اين اشتباه ، مشى و سلوك خود بهائى است ؛ وى در سفرهاى خود تقيّه مىكرد و به سبب مشرب عرفانى خود با هر ملّتى به اقتضاى مذهب ايشان رفتار مىنمود . ازين‌رو هركس او را هم‌عقيده با خود مىپنداشت . خود وى صريحا به اين شيوهء رفتارى در قصيدهء وسيلة الفوز و الامان اشاره كرده است . بعضى علماى شيعه از تسامح بهائى در برخورد با مذاهب ديگر ايراد گرفته و در توثيق او ترديد كرده‌اند . ولى آنچه مسلم است شيخ بهائى فقيه شيعى